La Chiesa ed il Convento di Santo Stefano si trovano nel centro storico di Empoli, fu eretta dagli agostiniani nel 1367, anno in cui si traferirono all'interno della cinta muraria.
La chiesa è priva di facciata, l'ingresso si trova su un fianco dell'edificio, lo stile architettonico è gotico e rinascimentale, tutta la struttura ha subito negli anni numerosi interventi di ristrutturazione e ricostruzione.

La costruzione del complesso ecclesiastico fu completato nel 1432, nel XVIII secolo furono effettuate importante opere di ristrutturazione, a inizio del 1800 i frati lasciarono Santo Stefano, la struttura fu così trasformata in una scuola. Verso la fine della seconda guerra mondiale, i tedeschi in ritirata fecero saltare la Torre Campanaria seicentesca, che crollando abbatté la parte orientale della chiesa distruggendo gran parte degli affreschi di Masolino da Panicale.

La chiesa nel dopoguerra fu ricostruita, e restituita all'autorità religiosa, mentre il convento è ancora del Comune di Empoli e vie utilizzato per mostre temporanee.